MEK-in fondları 2 milyona yaxın elmi-sahəvi ədəbiyyatı əhatə edir. MEK 1 136 034 kitabı, 4047 bağlama qəzetı, 3562 nüsxə CD və DVD diskləri, 6596 dissertasiyanı, 54 336 avtoreferatı, 640 nüsxə foto surəti saxlayan fondlara, şəxsi kolleksiyalara, depozitar fonda malikdir.

Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının (AMEA) Mərkəzi Elmi Kitabxanasının (MEK) fondlarında XIX əsrdə Brokqauz və Efron tərəfindən nəşr edilən 82 cilddən ibarət rus dilində ensiklopedik lüğət, 44 cildlik "Qranat”, 20 cilddə "Britanika”, 28 cilddən ibarət Amerika ensiklopediyası, London nəşri olan 14 cildlik "Yeni universal ensiklopediya”, alman dilində 15 cilddə "Mayerin yeni lüğəti”, fransız dilində "P. Larousse”, "Qrand ensiklopedi”, "Universales” ensiklopediyaları, 22 cilddə "Dünya kitabı” ensiklopediyaları mühafizə olunur.

Kitabxananın "Arxiv fondu"- cəmiyyətin tarixi və mədəni inkişafının mühüm hadisələri, dünya xalqlarinin ədəbiyyatı və mədəniyyətini əks etdirən dünyəvi və dini kitabların toplandığı zəngin kolleksiyadir. Burada 1930 cu ilə qədər əski əlifba ilə nəşr edilmiş ədəbiyyat mühafizə edilir

Mərkəzi Elmi Kitabxanada saxlanılan dəyərli kitablardan biri də XVII əsrdə yaşamış Türk İslam kültürünün Osmanlıdakı son nümayəndələrindən sayılan, mütəfəkkir Hasankale İbrahim Hakkı Həzrətlərinin "Marifetname" kitabıdır. Kitabin 1757-ci ildə qələmə alındığı bilinir. Kitab iki cildə toplanan vərəq formasında təxminən 600-dən çox əlyazmadan ibarətdir və soyundan olan nəvələri tərəfindən Tilloda (Siirt şəhəri) mühafizə edilməkdədir. Əsər bir önsöz, üç böyük bölümdən və bir sonsöz əvəzindən ibarətdir. Hər bölüm altı bölməyə ayrılır. Birinci bölüm "Fenn-i əvvəl" dir. Allahın varlığına, birliyinə diqqət çəkdikdən sonra cisimlərdən, maddələrdən, bitkilərdən və insandan bəhs edir. Bu bölümdə həm də həndəsə, astranomiya, coğrafiya və s. kimi elmlər yer alır. İkinci bölümdə "Fenn-i Sani"dir ki, burada insan anatomiyası, eləcə də vücud estetikası haqda məlumat verilir. Bədən və xasiyyət arasındakı bağlılığın qanunauyğunluqlarını göstərir. Bölümdə həm də sağlığa, ölümə, ruha dair geniş məlumat var. Üçüncü bölüm "Fenn-i Salis" din, fəlsəfə əhatəlidir. Sonuncu hissə isə insanların qarşılıqlı münasibətləri, adətləri, evlilikdə, övlada tərbiyədə, ana ataya, dosta, qonşuya və s. davranış adətləri, biçimləri yer alır. Şərq ədəbiyyatı fondunda saxlanan kitab 1987-ci ildə daha anlaşılan türkcə ilə nəşr edilən nüsxədir.

Mərkəzi Elmi Kitabxanada həmçinin ümumilikdə 13400 tammətnli kitab və avtoreferat vardır. Bunlardan 6900-ü kitab, 6500-ü isə avtoreferatdır.