Avtomatlaşdırma və proqram təminatı şöbəsi öz fəaliyyətini AMEA alimləri, doktorant və dissertantlara, professor-müəllim heyətinə, mütəxəssislərə və digər oxucu qruplarına elektron informasiya xidmətinin göstərilməsi əsasında qurmuşdur. Şöbə kitabxana-informasiya xidmətinin modernləşdirilməsinə, informasiya təminatının optimallaşdırılmasına, zaman və məkan məhdudiyyəti olmadan Mərkəzi Elmi Kitabxananın e-kataloqu və e- kitabxanası mek.az saytı vasitəsi ilə uzaq məsafədən elektron informasiya xidməti göstərir. Kitabxanada xidmət səviyyəsinin beynəlxalq standartlar səviyyəsinə çatdırılması işini tənzimləyir. Şöbə kitabxanada tətbiq edilən İRBİS64+AKİS (Avtomatlaşmış Kitabxana İnformasiy Sistemi) İnzibatçılığı və onun texnoloji proseslərinin tənzimlənməsi, əlavə və dəyişikliklərin tətbiqi məsələləri ilə məşğul olur. AKİS modullarının quraşdırılması, texnoloji proseslərin izlənməsi, lazım olduqda hər bir modula müdaxilə, qarşıya çıxan texnoloji nasazlıqların aradan qaldırılması, verilənlər bazalarının (VB) yaradılması, əlavə edilməsi və konvertasiyasını həyata keçirir. Kitabxanda AKİS-lə bağlı, sorğularının öyrənilməsi və problemlərin aradan qaldırılması məqsədilə öyrədici kurslar təşkil edir. Həmçinin kitabxananın lokal və internet şəbəkəsinin işinin idarə edilməsi, elektron informasiya avadalıqların quraşdırılmasını həyata keçrir, şəbəkələrin fasiləsiz işləməsinə nəzarət edir. Şöbəyə Natavan Hacıyeva rəhbərlik edir.

Elektron Resurslar – Azərbaycanın tarixi, ədəbiyyatı, coğrafiyası, mədəniyyəti, etnoqrafiyası, flora və faunası və digər sahələrə dair məqalələrin hazırlanaraq Vikipediyaya daxil edilməsini həyata keçirir. Elektron resurslar şöbəsi Azərbaycan və xaricidilli Vikipediyada məqalələrin sistematik yerləşdirilməsi, redaktəsi, yoxlanılmasını həyata keçirir, habelə konüllülərə təlimlərin icrası üzrə tərəfdaş strukturlarla əməkdaşlıq aparır. Elmi tədqiqat mərkəzləri, universitetlər, akademik tədqiqat institutları və s. elm qurumlara Vikipediya ilə bağlı təlimlərin keçirilməsini təşkil edir. Geniş oxucu kütləsini Azərbaycana aid informasiya resursları ilə təmin etmək üçün Azərbaycandilli Vikipediyanı müxtəlif mövzularda materiallarla zənginləşdirir. İnnovasiyaları və qabaqcıl təcrübələri öyrənir, müəssisənin fəaliyyətinə uyğunlaşdırır və tətbiq edir. Şöbə öz fəaliyyətini MEK-in fəaliyyətini təmin edən əsasnaməsinə, Azərbaycan Respublikasının İnformasiya, informasiyalaşdırma və informasiyanın mühafizəsi haqqında (1998) və Müəlliflik hüququ və əlaqəli hüquqlar haqqında (1996) qanunlarına əsaslanaraq, həmçinin kitabxana direktorunun əmr və qərarlarına uyğun qurur. Azərbaycanın milli, mədəni, elmi irsinə dair məlumatların məqalələr şəklində yaradılaraq mərkəzləşdirilmiş şəkildə Vikipediyada, Vikipediyanın norma və prinsiplərinə uyğun olaraq yerləşdirilməsi, Azərbaycan və dünya araşdırmaçılarının istifadəsinə verilməsi, eləcə də gələcək nəsillərə ötürülməsini, AMEA İnstitutlarından göndərilən əməkdaşlara Vikipediya təlimlərinin keçirilməsi, Azərbaycandilli Vikipediyanın zənginləşdirilməsi üçün tədbirlər kompleksinin hazırlanması, həmçinin Vikipediyanın prinsiplərinə uyğun olaraq məqalələrin ensiklopedik məzmunda, oxunaqlı dildə və akademik şəkildə konkret faktlar əsasında tərtib edir. Təlimlər müraciətlər əsasında təşkil olunur. Adətən öz sahəsi üzrə ixtisaslaşmış könüllülər qrup şəklinə bölünərək Viki-dərslər tədris edilir. Təlimlər zamanı Vikipediyanın tarixi, mahiyyəti, prinsipləri, məqalələrin yaradılması və redaktə edilməsi ətraflı şəkildə izah olunur. Yekunda könüllülərin fəaliyyətinə əsasən AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının baş direktoru professor Məmməd Əliyev tərəfindən sertifikatla qiymətləndirilir. Şöbəyə Əhmədova Reyhan rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasında Azərbaycanşünaslığın inkişafı və elmi informasiya fəaliyyətinin daha səmərəli düzgün təşkili vacib faktor hesab olunur. Kitabxanada bu işi Azərbaycanşünaslıq və Milli Rəqəmsal Yaddaş şöbəsi həyata keçirir. 2014-cü ilin may ayında AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının yeni binası istifadəyə verilərkən ölkə başçısı İlham Əliyevə Milli Rəqəmsal Yaddaş layihəsi də təqdim olunmuşdur. 2020-ci il 23 noyabrda isə yeni struktura əsasən Azərbaycanşünaslıq və Milli Rəqəmsal Yaddaş şöbəsi yaradılmışdır. Azərbaycanşünaslıq və Milli Rəqəmsal Yaddaş şöbəsi – Azərbaycanşünaslıq üzrə sənədlərin toplanması, elmi işlənməsi, ənənəvi və elektron informasiya-axtarış aparatının təşkili və aparılması, Azərbaycanın milli, mədəni, elmi irsinin əsaslı formatda mərkəzləşdirilmiş şəkildə qorunub saxlanılması, Azərbaycan və dünya araşdırmaçılarının istifadəsinə verilməsi, eləcə də gələcək nəsillərə ötürülməsi məqsədi ilə daim yenilənən vahid rəqəmsal bazanın yaradılması işini nəzərdə tutur. Şöbənin əsas missiyası azərbaycançılıq dünyagörüşünün təbliğatçısı olmaqla yanaşı, azərbaycanşünaslıq elminin, milli-ictimai təfəkkürünün etibarlı və ciddi elmi informasiya bazasının formalaşması, ədəbiyyat siyahılarının formalaşması və qiymətləndirilməsi, MEK-ə yeni daxil olan ədəbiyyatların MRY-a aid olunması işinin icra edilməsi, Azərbaycana aid qəzet, jurnal məqalələrinin, e-resursların, ardı davam edən nəşrlərdəki müxtəlif dillərdə elmi məqalələrin Mərkəzi Elmi Kitabxananın e-kataloquna (İRBİS proqramına) daxil edilməsi, İRBİS proqramından çap olunmuş kartoçkaların kartotekaya yerləşdirilməsi, AMEA İnstitutlarından göndərilən MRY-a aid ədəbiyyatların elektronlaşmasının təmin edilməsindən ibarətdir. Bu gün Mərkəzi Elmi Kitabxanada özünün yüksək inkişaf mərhələsində olan azərbaycanşünaslıq üzrə kitabxana-biblioqrafiya və elmi informasiya xidməti sahəsində fəaliyyət azərbaycanşünaslığa dair mövcud sənədlər və informasiya tələbatçıları arasında uyğunluq yaratmaqda və sənəd kommunikasiya sistemində informasiya maneələrinin aradan qaldırılmasında səmərəli vasitədir. Həmin vasitə oxucuların ölkəşünaslıq üzrə informasiya tələbatının təminatına xidmət etməklə ölkəmizdə kitabxana işinin inkişafına da öz layiqli töhfəsini verir. Şöbəyə Aygün Kamran qızı Səfərova rəhbərlik edir.

Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin 2021-ci il 28 yanvar tarixli 6/3 №-li qərarı ilə Mərkəzi Elmi Kitabxananın struktur və işçilərin say tərkibini uyğun olaraq 15 fevral 2021-ci il MEK-in Baş direktoru, professor Məmməd Əliyevin əmr ilə ( 51 №-li əmr) “Azərbaycan dilində ədəbiyyat və mübadilə” fondu müstəqil şöbə kimi fəaliyyətə başlamışdır. “Azərbaycan dilində ədəbiyyat və mübadilə” fondunda kitab, jurnal, qəzet, dissertasiya , avtoreferat və elektron resurslar (CD-R, CD-RW disklər) mühafizə olunur. Fonda aid inventar nömrəli hər bir sənədin qeydiyat nişanı, adı və haqqında qısa məlumatı əks etdirən topoqrafik kartotekası var. Fond Mərkəzi Elmi Kitabxananın Kataloqlaşdırma şöbəsi tərəfindən qəbul edilən yeni ədəbiyyatın yerləşdirilməsi, oxucuların sorğularının cavablandırılması, istifadə müddəti bitmiş ədəbiyyatın fonda geri götürülməsi, zədələnmiş kitab və ya jurnalların bərpası ilə yanaşı, ölkədaxili və xarici ölkələrə Beynəlxalq Kitab Mübadiləsi yolu ilə ədəbiyyat göndərir. Eyni zamanda ölkə daxilində fəaliyyət göstərən elmi müəssisə və təşkilatlara kitab hədiyyə edir. “Azərbaycan dilində ədəbiyyat və mübadilə fonduna Nazilə Həsənova rəhbərlik edir. Fondun 9 işçisi var.

Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi xaricdə fəaliyyət göstərən kitabxanalar, elm, təhsil, mədəniyyət müəssisələri, Azərbaycanda akkreditasiya olunmuş diplomatik korpus təmsilçilikləri, habelə Azərbaycanın xaricdəki diplomatik qurumları ilə əməkdaşlıqlar qurur, beynəlxalq mübadilə aparır, sazişlər imzalayır, layihələr, görüşlər, tədbirlər həyata keçirir. Məqsəd xaricdə fəaliyyət göstərən kitabxanalara, elm, təhsil, mədəniyyət müəssisələrinə, Azərbaycan Respublikasında akkreditasiya olunmuş diplomatik korpus təmsilçiliklərinə Mərkəzi Elmi Kitabxananın fəaliyyəti, məqsədi, imkanları barəsində məlumat çatdırmaq, onlarla qarşılıqlı faydalı əməkdaşlıq qurmaq, Azərbaycana aid xarici arxivlərdə saxlanılan, elmi, milli, mədəni, ədəbi, etnoqrafik, incəsənət və s. mövzularda olan kitabları, sənədləri aşkarlamaq, MEK-ə gətirməkdir. Hazırda MEK 45 ölkənin 115 təşkilatı ilə, o cümlədən ölkəmizdəki bir sıra səfirliklərlə, Azərbaycanın xaricdəki səfirlikləri ilə əlaqələr qurub, əməkdaşlıq edir. MEK ABŞ Konqres Kitabxanası, Rusiya Milli Kitabxanası, Rusiya Dövlət Kitabxanası, Almaniyanın Potsdam Universitet Kitabxanası, Berlin Universitet Kitabxanası, Fransa Mərkəzi Kitabxanası, Çin Milli Kitabxanası, Bolqarıstanın Sofiya Universiteti, Şotlandiyanın Edinburq Milli Kitabxanası, Polşa Universitet Kitabxanası, Rumıniya Elmlər Akademiyasının Kitabxanası, İngiltərə, Avstriya, Çexiya, İsveç, Səudiyyə Ərəbistanı, Finlandiya, Niderland, Serbiya, Meksika, Norveç, Belçika, İtaliya, Mərakeş kimi ölkələrlə əməkdaşlıq həyata keçirir. MEK Beynəlxalq Elmlər Akademiyaları Assosiasiyasının 25.11.2021-ci ildə Rusiyanın paytaxtı Moskva şəhərində keçirilən toplantısında quruma üzv seçilmişdir. 2021-2022-ci illərdə MEK Rusiya Elmlər Akademiyasının Təbiət Elmləri Kitabxanası, Moldova Respublikasının Elmi Kitabxanası, Qazaxıstan Respublikasının “Elm Ordası” adlı Mərkəzi Elmi Kitabxanası, Belarus MEA-nın Mərkəzi Elmi Kitabxanası, Litva Elmlər Akademiyasının Kitabxanası, Rusiya Elmlər Akademiyasının Sibir Bölməsinin Kitabxanası, Macarıstandakı Eötvös Loránd Universiteti (ELTE) və “ARCANUM Database” təşkilatı, Özbəkistanın İnnovativ İnkişaf Nazirliyi yanında Elmi-Texniki İnformasiya Mərkəzi, Özbəkistan Elmlər Akademiyasının Fundamental Kitabxanası ilə əməkdaşlıq haqqında müqavilələr imzalamışdır. Bununla yanaşı, MEK Misir Milli Kitabxanası və Arxivləri (2017), Kolumbiya Respublikasının Mədəniyyət Nazirliyi (2017), Türkiyənin Karabük Universitet Kitabxanası (2018), Türkiyənin Yıldırım Bəyazit Universitet Kitabxanası (2018) ilə müqavilələr imzalayıb, qarşılıqlı səfərlər çərçivəsində Belarus Milli Kitabxanasıyla əməkdaşlıq edir. MEK 2017-ci ildə Bakı şəhərində keçirilmiş “Macarıstan günləri”nin təşkilatıçılarından olub. MEK eyni zamanda Azərbaycanın diaspor təşkilatları, Yaponiyanın Nippon Fondu, Berlin Humboldt Universiteti, UNESCO kimi təşkilatlarla, ölkəmizdə fəaliyyət göstərən Türkiyə, Rusiya, Özbəkistan, Qazaxıstan, Macarıstan, Misir, İran, Almaniya, Fransa və s. ölkələrin səfirlikləri, o cümlədən Azərbaycanın xaricdəki diplomatik nümayəndəlikləri ilə sıx əməkdaşlıq edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının “Biblioqrafiya şöbəsi” 1923-cü ildə təşkil olunmuş “Azərbaycanı Tədqiq və Tətöbbə Cəmiyyəti”nin nəzdində 1924- cü ildə “”Biblioqrafiya bürosu” kimi fəaliyyətə başlayıb. 1923-cü ildən həmin cəmiyyətin nəzdində yaranan Elmi Kitabxananın 1925- ci ildə “Elmi- məlumat şöbəsi” yaradılıb. 1959-cu ildə “Məlumat-biblioqrafiya”, 1967-ci ildə “Elmi biblioqrafiya”, 1973-cü ildə “Elmi-texniki informasiya”, 2003-cü ildə “Biblioqrafiya şöbəsi” adı altında fəaliyyət göstərən şöbə 2015-2020-ci illərdə “Kitabxana-xidmət şöbəsi”nin tərkibində “Biblioqrafik sorğular bölməsi”, 2020- ci ildə isə kitabxanada baş verən struktur dəyişikliyinə əsasən yenidən “Biblioqrafiya şöbəsi” adlandırılıb. Şöbənin əsas vəzifələri tematik mövzularda elmi biblioqrafik göstəricilərin, “Azərbaycanın elm və mədəniyyət xadimləri” seriyasından şəxsi biblioqrafiyaların tərtibi, biblioqrafik arayışların yerinə yetirilməsi və elmi biblioqrafik informasiya xidmətindən ibarətdir. Habelə, diyarşünaslıq və ümumi xarakterli - elmi-köməkçi, tövsiyə, elektron biblioqrafik vəsaitlər də tərtib edir. Elektron və ənənəvi kataloq və kartoteka sistemi ilə biblioqrafik  xidmət göstərir, oxucuları məlumat-biblioqrafiya bilikləri ilə maarifləndirir. AMEA institut kitabxanalarına və MEK-in ayrı-ayrı şöbələrinə də biblioqrafik xidmət göstərir. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin müvafiq sərəncamlarına əsasən cari ildə keçiriləcək dövlət əhəmiyyətli tarixi günlər və ya məşhur şəxsiyyətlərin yubileyləri ilə əlaqədar diyarşünaslıq xarakterli biblioqrafik vəsaitləri tərtib və nəşr etdirir. Kitabxanada müxtəlif məzmunlu sərgilərin təşkilində yaranan biblioqrafik sorğuları yerinə yetirir. Ali dövlət orqanlarını, müəssisə və təşkilatları, ayrı-ayrı oxucu qruplarını şöbəyə daxil olan yazılı və şifahi arayışlarla təmin edir.   Şöbəyə Nərgiz Novruzova rəhbərlik edir.

Azərbaycan dövlətçiliyi və Heydər Əliyev irsinin kitabxana fondlarında komplektləşdirilməsi Azərbaycan tarixi, mədəniyyəti, incəsənəti, dövlətçilik tarixi, Azərbaycanın keçmişi və bu günü haqqında məlumat əldə etməyə imkan verir. Uzun illər fəaliyyət göstərən – Heydər Əliyev və Azərbaycan dövlətçiliyi şöbəsi – ümummilli lider Heydər Əliyevin zəngin irsinə, Azərbaycanın zəngin dövlətçilik tarixinə dair, Azərbaycan Respublikasının prezidenti İlham Əliyevin çoxşaxəli siyasi fəaliyyətinə, I Vitse-Prezident Mehriban Əliyevanın sosial-humanitar sahədə fəaliyyətinə, Azərbaycanın dünyada təbliğinə həsr olunmuş ədəbiyyatın kitabxana fondlarında komplektləşdirilməsi, rəqəmsallaşdırılması, məlumat bazalarının hazırlanması işini təşkil edir, ənənəvi və elektron informasiya-axtarış aparatının təşkili, mövzu və şəxsi biblioqrafik göstəricilərin hazırlanması, görkəmli dövlət xadimi Heydər Əliyevin irsinin tədqiqi və təbliğinə dəstək məqsədilə təşkil etdiyi silsilə xarakterli Heydər Əliyev lektoriyalarının, elmi-kütləvi tədbirlərin təşkili və keçirilməsi fəaliyyətini nəzərdə tutur, bu sahədə elmi-tədqiqat işlərinin informasiya təminatını həyata keçirir. Son illərdə şöbənin təşkil etdiyi və uğurla həyata keçirdiyi ən mühüm layihələrdən biri – görkəmli dövlət xadimi, ümummilli lider Heydər Əliyevin irsinin tədqiqi və təbliğinə dəstək məqsədilə təşkil etdiyi silsilə xarakterli Heydər Əliyev lektoriyalarının keçirilməsidir. Qeyd etmək lazımdır ki, respublika kitabxanalarında – bu ilkə məhz Mərkəzi Elmi Kitabxana imza atıb. Şöbə AMEA-nın Rəyasət Heyəti, AMEA-nın bir sıra Elmi Tədqiqat İnstitutları, həmçinin şöbənin müvafiq profilinə uyğun digər istifadəçilərin də əyani və şifahi sorğularının cavablandırılması istiqamətində informasiya təminatını yüksək səviyyədə həyata keçirir. Ümumiyyətlə, Azərbaycan dövlətçiliyi və Heydər Əliyev irsinə dair nəşrlərin kitabxana fondlarında toplanması, kitabxana fondlarının zənginləşdirilməsinə deyil, eyni zamanda Azərbaycanın dövlətçilik tarixinin və Heydər Əliyev irsinin gələcək nəsillərin istifadəsinə verilməsi üçün qorunub saxlanılmasına xidmət edir. Şöbəyə Günel Bağırova-Hüseynova rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitaxbxanasının İctimaiyyətlə əlaqələr və informasiya şöbəsi  ictimai iştirakçılığın genişləndirilməsi, kommunikasiyanın qurulması və idarə edilməsi, Kitabxananın ictimaiyyətlə əlaqələr strategiyasının (PR strategiyası) və siyasətinin qurulması sahəsində işlərin təşkilini və tənzimlənməsini həyata keçirir. Şöbənin fəaliyyətinin məqsədi MEK-in şəxsi heyətinə, oxucu-istifadəçilərinə, qonaqlarına, AMEA-nın institut və təşkilatlarına, rəhbərliyinə, Azərbaycan ictimaiyyətinə, xarici müəssisə və təşkilatlara MEK-in fəaliyyəti, məqsədi, texniki və informasiya imkanları barəsində obyektiv məlumat çatdırmaq, informasiya mənbələri mübadiləsinin aparılmasına yardım göstərmək, kommunikasiya mühitini genişləndirməkdir. Şöbəyə İbrahimova Mina Vilayət qızı rəhbərlik edir.

AMEA MEK-in rəsmi olaraq metodiki rəhbərlik fəaliyyəti 1962-ci ildə metodist ştatının açılması ilə təsdiq edilmiş, 1969-cu ildə isə “Elmi-metodiki şöbə” təşkil olunmuşdur. 1985-ci ildə MEK-in “Elmi-metodiki” və “Elmi tədqiqat” şöbələri birləşdirilərək Kitabxanaşünaslıq şöbəsi yaradıldı. Kitabxanaşünaslıq şöbəsinin strukturuna iki bölmə daxil idi: elmi tədqiqat bölməsi və elmi metodiki bölmə. 1999-cu ildə MEK-in “Kitabxanaşünaslıq” şöbəsi yenidən “Elmi-metodiki” şöbə adlandırıldı. 2003-cü ildə MEK-də struktur dəyişikliyi ilə əlaqədar olaraq kitabxanada bəzi şöbələr birləşdirilmiş, Elmi-metodiki şöbə isə Kitabxanaşünaslıq və innovasiya şöbəsi adlandırılmışdı. Bu dövrdə ümumiyyətlə, AMEA kitabxana sistemində tətbiq edilən bütün iş növlərinin təkmilləşdirilməsi bilavasitə “Kitabxanaşünaslıq və innovasiya” şöbəsi əməkdaşlarının yaxından iştirakı ilə yerinə yetirilirdi. 2003-cü ildə AMEA Nizamnaməsinin 5-ci maddəsinin 54-cü bəndinə əsasən MEK-ə elmi statusun verilməsi kitabxananın fəaliyyətinin müasir tələblərə uyğun təşkilinə təsir göstərən mühüm amillərdən biri oldu. 2006-2013-cü illərdə “Kitabxanaşünaslıq və innovasiya” şöbəsinin əsas təyinatı – MEK-in şöbələrinin fəaliyyətinin müasir tələblərə uyğun təkmilləşdirilməsi yollarının müəyyənləşdirilməsi və yeniliklərin tətbiqi, normativ qanunvericilik aktlarının yerinə yetirilməsinin metodiki təminatı və onlara nəzarətin həyata keçirilməsi işi olmuşdur. MEK-də 2014-cü ildə aparılan struktur dəyişikliyi ilə əlaqədar Kitabxanaşünaslıq şöbəsi ləğv olunmuş, MEK-in ETİ kitabxanalarına metodiki təminat işi dayandırılmışdır. AMEA MEK və ETİ kitabxana şəbəkəsinin fəaliyyətini dövrün tələblərinə uyğun istiqamətləndirmək, müasir və daha operativ elmi-metodiki idatəetməni hayata keçirmək məqsədilə 2020-ci ildə şöbə “İnnovativ layihələr və metodik təminat” adı altında yenidən yaradılmışdır. İnnovativ layihələr və metodik təminat şöbəsi- kitabxana işi sahəsində elmi-metodiki işləri, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının (AMEA) elmi tədqiqat institutları nəzdindəki kitabxanaların və Mərkəzi Elmi Kitabxananın (MEK) fəaliyyətinə metodiki rəhbərliyi, kitabxana işi və biblioqrafiya məsələlərinin elmi-nəzəri cəhətdən işlənib hazırlanmasını və onun nəticələrinin kitabxana işinə tətbiqinə dair layihələri həyata keçirir. Şöbəyə Səyyarə Məmmədova rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının Kadrlar şöbəsi Kitabxananın struktur bölməsidir. Şöbə öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, Əmək Məcəlləsini, AMEA Ümumi yığıncağının və Rəyasət Heyətinin qərarlarını, Mərkəzi Elmi Kitabxananın nizamnamə, qərar, təlimat, əmr, sərəncamlarını rəhbər tutur. Şöbənin fəaliyyətinin əsas məqsədi Mərkəzi Elmi Kitabxanada İnsan Resurslarının idarə edilməsi siyasətinə və kitabxananın strateji hədəflərinə müvafiq olaraq onun davamlı dinamik inkişafına xidmət edən insan kapitalının formalaşdırılması, inkişaf etdirilməsi və qorunub saxlanılmasına yardım etməkdir. Şöbəyə Günel Rahim qızı Rəhimova rəhbərlik edir.

Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Mərkəzi Elmi Kitabxanasının Kataloqlaşdırma şöbəsi - cari daxil olan sənədlərin və retrospektiv sənədlərin elektron kataloqlaşdırması və biblioqrafik təsvirlərinin yaradılması fəaliyyətini nəzərdə tutur. Şöbədə MEK-ə məxsus bütün növ sənədləri biblioqrafik xassələrinə əsasən ardıcıl olaraq, elm sahələri üzrə sistemləşdirilir və indeksləşdiriıir, eləcə də elektron kataloqa müvafiq kataloqlaşdırma qeydlərini daxil edir, çap formatında kataloq üçün kartoçkalar hazırlayır. Şöbənin əsas fəaliyyət istiqamətləri – sənədin “Dövlət standartına” uyğun olaraq biblioqrafik təsvirinin verilməsini təmin edir. MEK-ə yeni daxil olan (müxtəlif dillərdə kitablar, jurnallar, nəşri davam edən resursları və müxtəlif tipli sənədlər) ardıcıllıqla biblioqrafik təsvir qaydalarına əsasən ənənəvi- əlifba, sistemli kataloq yaradılması məqsədilə elektron kataloqa müvafiq qeydlərin daxil edilməsi. Yazılmış kartoçkaların ənənəvi kataloqlar üçün işlənilməsini və ciddi əlifba üzrə kataloqlara düzülməsini təmin edir. Artıq bir neçə illərdir kitabxanamız fondun elektron kataloqa salınması işini davam etdirir. Beləki, şöbədə cari kitab işləmə ilə yanaşı (retrokonversiya) işləri davam edir. Ümumi fonddan kitablar qaldırılır və (İRBİS)-64 proqramı adlanan elektron kataloqa daxil edilir. Şöbə həm elektron kataloqda həm də ənənəvi kataloqda redaktə işini təşkil edir. İşlənilmiş kitablar və digər müxtəlif çap məhsulları sonda fondlara təhvil verilir. Şöbəyə Cəfərova Xuraman rəhbərlik edir. Şöbədə 12 əməkdaş çalışır.

Şöbənin əsas vəzifələri maliyyə-təsərrüfat fəaliyyətinin mühasibat uçotunun təşkilindən, maddi, əmək, maliyyə vəsaitlərinin qənaətli istifadəsinə və təşkilatın əmlakının qorunmasına nəzarətdən ibarətdir. Təsərrüfat əməliyyatlarının mühasibat uçotu hesablarında (həmçinin mühasibat uçotu registrlərində) düzgün əks etdirilməsi, ona nəzarət, operativ məlumatların təqdim edilməsi, mühasibat (maliyyə) hesabatlarının müəyyən edilmiş müddətlərdə tərtib və təqdim edilməsi, digər bölmə və xidmət sahələri ilə birlikdə təsərrüfatdaxili ehtiyatların aşkara çıxarılması və səfərbər edilməsi məqsədilə mühasibat uçotu və hesabatının məlumatları üzrə Təşkilatın maliyyə-təsərrüfat fəaliyyətinin iqtisadi təhlilinin həyata keçirilməsi, inventarizasiyanın aparılmasını təşkil edir. Qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş qaydada gəlirlərinin (xərclərinin) və vergitutma obyektlərinin uçotunun aparılması işini yerinə yetirir. Təşkilatın maliyyə-təsərrüfat fəaliyyəti üzrə təhlillərini aparır.  Lazımı hesablamalarla birgə cari və perspektiv maliyyə planlarını tərtib edir. Şöbəyə Hökümə Abbasova Azər qızı rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının “Nadir kitablar və qiymətli nəşrlər” fondu 1998-ci ildə yaradılıb. Fonda kitablar nəşr tarixinə, region və ölkə əhəmiyyətinə, nəfis tərtibatına, ölçülərinə görə (ən iri, ən kiçik) və digər meyarlar əsasında seçilib, unikal nəşrləri özündə birləşdirir. Ədəbiyyat əsasən rus, ingilis, alman, fransız, ispan, italyan və latın dillərindədir. Fondda Azərbaycan Respublikasının kitabxanaları arasında ən qədim 22 kitab mühafizə olunur. Kitabların dili ölü dil hesab olunan latın dili, mövzuları isə qədim Roma İmperiyasına, tarixə, kilsəyə və dinəm aiddir. Qədim nəşrlər 1502-1572-ci illəri əhatə edir. Kitablar “Azərbaycan Respublikasının Kitab Abidələri”nə daxil edilib. Bunlardan nəşr tarixinə görə ən qədimi 1502-ci ilə aid, Р-5098 şifrəsində olan “Heptalogium ex diversis paginis atque auctorum officinis congestum” kitabıdır. Qədim kitablar xüsusi hazırlanmış şüşəli stendlərdə mühafizə olunur. Fondda səhifələrinin kənarı qızıl suyu ilə işlənmiş, dəri materialı ilə cildlənmiş, üz qabığı təbii firuzə qaşlarla bəzədilmiş kitablar saxlanılır. Üz qabığının kənarları qızıl suyuna salınmış kitab: Stieler Karl. İtalien – Eine Wanderung von den Alpen bis zum Aetna. Sduttqart, 1880. Kitab müəllifin səfərindən, Florensiya, Roma, Neapol və başqa şəhərlərin əsrarəngiz gözəlliklərindən, şəhər sakinlərinin həyat tərzindən bəhs edir. Müəllif antik şəhərlər olan Pompey, Kolizey, Ponteon və digər tarixi abidələrdən də söhbət açıb. Fondun həcmcə ən iri ədəbiyyatı (54x64 sm) – Edwart Stebbinqin “The Holy Carpet of the Mosque at Ardebıl – London, 1893” kitabıdır. Bu əsər ingilis dilindədir. Ən balaca kitab (3,5x4,5 sm) – Belarus şairi Yanka Kupalanın şeirlər məcmuəsidir. Fondda tərtibatı ilə xüsusi olaraq seçilən ədəbiyyat firüzə qaşlarla bəzədilmiş Ebers G. Aegypten: İm Bild und Wort. – Stutgart; Leipzig, 1879 kitabıdır. Burada əsər Napoleon Bonopartın “Misir ekspedisiyası” adı altında Misirə daxil olmasından bəhs edir. Misirin əsas tarixi hadisələri, adət-ənənələri, Şərqin qədim universitetlərindən biri olan Əl-Əzhər İslam Universiteti haqqında geniş məlumat verilib. Nadir və qiymətli nəşrlər fondunda Azərbaycan dilində də ölkə və dünya əhəmiyyyətli nəşrlər toplanıb. Orta əsrlər Azərbaycan incəsənətinin ən parlaq səhifələrindən olan miniatür boyakarlığı nəinki orta əsr müsəlman sivilizasiyasını, hətta bütün dünya incəsənətini misilsiz dərəcədə zənginləşdirmişdir. Azərbaycan miniatür sənəti özünəməxsus orijinallığı, zənginliyi və rəngarəngliyi ilə seçilir. Nadir kitab fondunda çox geniş formada bütün elm sahələrini əhatə edən universal xarakterli ensiklopediyalar mövcuddur. XIX əsrdə Broxqauz-Efron tərəfindən nəşr olunmuş Ensiklopedik lüğət (82 cild), XIX əsrdə nəşr olunan “Qranat” ensiklopedik lüğət (44 cild), 1875-ci il nəşri ingilis dilində “Britanika” (31 cild), 1946-cı il nəşri “Britanika” (20 cild), 1944- cü il nəşri Amerikan ensiklopediyası (28 cild), Londonda nəşr olunmuş “Yeni universal ensiklopediya” (14 cild), 1994-cü ildə nəşr olunmuş “Dünya kitabı” ensiklopediyası (22 cild) oxucuların diqqətini daha çox çəkir və onlara tez-tez müraciətlər olur. Həmçinin alman dilində 1977-ci ildə nəşr edilmiş 15 cilddə “Mayerin yeni lüğəti” universal ensiklopediyadır. Fransız dilində isə “P.Larousse”, “Qrand ensiklopedi”, “Universales” ensiklopediyaları da fonddakı nadir nümunələrdəndir. Nadir kitab fondunda müxtəlif  kolleksiyalar da mövcuddur. Bunlardan ən zəngini tanınmış numizmat - alim Yevgeni Aleksandroviç Paxomovun şəxsi kitab kolleksiyasıdır. Fondda Poçt nişanları kolleksiyası da toplanıb. Miniatür nəşrlər kolleksiyasında kitabların ən böyüyü 13 sm, ən kiçiyi isə 3,5 sm-dir. Kolleksiyada müxtəlif elm sahələri üzrə və dahi şəxsiyyətlər haqqında çap olunmuş minüatür nəşrlər yer alır. Xaricdə yaşamış azərbaycanlıların məzarları kolleksiyası isə 53 fotodan ibarətdir. Ən qiymətli kitablar xüsusi mühafizə rejimində, yəni turşusuz kartondan düzəldilmiş mikroiqlimli konteynerlərdə qorunur. Altı əməkdaşı olan fonda Sevil Məmmədova rəhbərlik edir.

Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin 28 yanvar 2021- ci il tarixli 6/3 nömrəli qərarına əsasən Azərbaycan kitabxana sistemində ilk olaraq MEK- in Baş direktoru, professor Məmməd Əliyevin təşəbbüsü və bilavasitə köməkliyi ilə Qarabağ müharibəsi qəhrəmanları fondu yaradılmışdı. Fond AMEA Rəyasət Heyətinin qərarından dərhal sonra fəaliyyətə başlamışdır. Fondun əsas məqsədi I və II Qarabağ müharibəsində, Aprel döyüşü, Tovuz döyüşü zamanı Vətənin ərazi bütövlüyünü bərpa etmək üçün canını fəda edən, qəhrəman oğullarımızın xatirəsini əbədiləşdirmək, onların ömür və döyüş yolunu yaşatmaq, gələcək nəsillərə ötürməkdir. Fondun əməkdaşları tərəfindən I və II Qarabağ müharibəsi, Aprel döyüşü, Tovuz döyüşü qəhrəmanlarının ailələri ilə əlaqə yaradılır, görüşlər təşkil edilir və onlar haqqında məlumatlar, video materiallar, fotoşəkillər toplanılır, və sənədləşdirilmiş formada qorunub saxlanılır. Hal-hazırda 2000-ə yaxın material toplanaraq sənədləşdirilib və bu iş mərhələli şəkildə davam etdirilir. Həmçinin şəhidlərin ailələri tərəfindən qəhrəmanlarımıza məxsus olan kitablar Qarabağ müharibəsi qəhrəmanları fonduna hədiyyə olunur. Qarabağın tarixi, siyasəti, mədəniyyəti, etnoqrafiyası və iqtisadiyyatını əks etdirən 1000 yaxın kitab, qəzet və s. materiallar da fondda yer almışdır. 44 günlük savaş haqqında yazılmış kitablar müəllifləri tərəfindən fonda hədiyyə olunur və bu ənənə davam etdirilir. Elektron və ənənəvi kataloq və kartoteka sistemi ilə Qarabağ müharibəsi qəhrəmanları fondu oxuculara xidmət göstərir. Qarabağ müharibəsi qəhrəmanları fondunun əməkdaşları davamlı olaraq respublikanın müxtəlif şəhər və rayonlarında qəhrəman şəhidlərimizin ildönümləri ilə bağlı tədbirlərdə iştirak edirlər. Fonda şəhid-polkovnik Babək Səmidlinin bacısı Röksanə Səfərzadə rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının Reproqrafiya şöbəsi 2020-ci ildən fəaliyyətə başlamışdır.Reproqrafiya şöbəsi AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanın fondlarında qorunub saxlanılan Azərbaycanın bədii, elmi, fəlsəfi kitablarını, o cümlədən klassik ədəbiyyat nümunələrini, müəlliflər tərəfindən verilən kitab nüsxələrini, qəzet, jurnal məqalələrini müxtəlif tipli skan aparatları vasitəsilə elektron formata salıb, daha sonra xüsusi proqram vasitəsilə konvertasiya edib PDF formatda elektron bazaya daxil edib oxucuların istifadəsinə verilməsi işini görür. Reproqrafiya şöbəsi universitetlər, akademik tətqiqat institutları və s. elm qurumlarında mövcud olan fiziki və elektron elmi materialların bir bazada cəmləşməsini və istifadəyə verilməsini təmin edir. Azərbaycan Respublikasının əlamətdar günlərinə həsr olunmuş görkəmli şəxsiyyətlərin, klassiklərin yubileyləri münasibətilə onların həyat və yaradıcılığını əks etdirən məlumatların hazırlayır və virtual sərgiyə təqdim edir. Şöbəyə Cabarov Sərdar rəhbərlik edir.

Sənədlərlə iş şöbəsinin əsas vəzifəsi MEK daxilində kargüzarlıq xidmətinin düzgün təşkilinin təmin edilməsidir. Sənədlərlə iş şöbəsi aşağıdakı funksiyaları həyata keçirir: - Baş direktora məruzə üçün təqdim olunası daxili, göndərilən və qəbul edilən sənədlərin baxılmasını; - sənədlərin vaxtında icra olunmasına nəzarəti; - sənədlərin düzgün və vaxtında tərtib edilməsinə və rəsmiləşdirilməsinə nəzarət, əmrlərin rəsmiləşdirilməsi və göndərilməsi, onların işlərdə formalaşdırılması, yazışmaların səmərəli təşkili; - sənədlərin qəbulu, uçotu, qeydiyyatı və saxlanılmasını həyata keçirmək, göndərilən, daxil olan və daxili sənədlərin göndərilməsi və bölmələr üzrə çatdırılması, həmçinin dövlət saxlanmasına verilmək üçün işlərin hazırlanması; - MEK-in struktur bölmələrində kargüzarlığın aparılmasının təşkili üzrə metodiki rəhbərliyin həyata keçirilməsi. Şöbəyə Şəhla Rəsul qızı Aslanova rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının Xarici dillərdə ədəbiyyat fondu şöbə olaraq 2021-ci ilin yanvar ayından fəaliyyətə başlayıb. Xarici dillərdə ədəbiyyat fondu şöbənin əsasnaməsi və illik planı əsasında iş aparır. Fondda ümumilikdə 1.004.262 nüsxə kitab jurnal və qəzet mühafizə olunur. Xarici dillərdə ədəbiyyat fondu – Rus, Şərq, Avropa dillərində ədəbiyyatı özündə birləşdirir. 1. Rus dilində ədəbiyyatın mühafizə bölməsində 592.022 nüsxə kitab, 139.672 sayda jurnal qorunur. Orta əsrlərdən başlayaraq dövrümüzə kimi müxtəlif elmi və bədii ədəbiyyatı, lüğətləri və mətbuat səlnamələrini əhatə edir. 2. Avropa dillərində ədəbiyyat bölməsində 61.971 nüsxə kitab, 125.069 sayda jurnal mühfizə edlilir. Fondda ingilis, alman, fransız, macar, italyan, polyak, danimarka, bolqar, rum, ispan, yapon və s. dillərdə qorunan ədəbiyyatlar zənginliyi və nəşr olunma illərinin qədimliyinə görə fərqlənir. Çox böyük əhəmiyyətə malik olan bu fondda XVI-XVII əsrlərdə çap edilmiş kitab nüsxələri də vardır. 3. Şərq dillərində ədəbiyyat bölməsində 46.372 nüsxə kitab, 12.520 iurnal, 23.987 sayda qəzet qorunur. Həmcinin fondda Yevgeni Aleksandroviç Belyayevin (229), Bertels Yevgeni Eduordoviçin (4287), Zahid Yusif oğlu Hüseynzadənin (524), Georgi Hazainin (1948), Boris Nikolayeviç Zaxoderin (2077) şəxsi kolleksiyaları mühafizə olunur. Xarici dillərdə ədəbiyyat fondunun Şərq dillərində ədəbiyyatı şərqşünas alimlər, mütəxəssislər üçün qiymətli və əvəzsiz fondlardan biri və nadir kitabların saxlanma sayına görə MEK-in ən diqqətəlayiq kitab saxlanclarındandır. Burada Şərq dillərinə aid nadir elmi kitablar, müxtəlif dərsliklər, ensiklopediya və lüğətlər, məcmuələr, dövrü mətbuat nüsxələri, 1920-ci ilə qədər Azərbaycanda nəşr edilmiş ədəbiyyatın Arxiv fondu, 64 adda o dövrün mətbuat nüsxələri, fotosürətlər və mikrofilmlər mühafizə olunur. Fondda, həmçinin Şərq xalqlarının qədim və yeni tarixi, ədəbiyyatı, din, fəlsəfə və incəsənətinə dair nəşrlərdən, alim-səyyahların əsərlərindən ibarət zəngin kitab xəzinəsi toplanmışdır. Şərq dillərində ədəbiyyat fondunun əsas hissəsini ərəb, fars, türk dillərində olan çox qiymətli kitab, jurnal və qəzetlər təşkil edir və kitablar nadir elmi əsərlərin sayına görə kitabxanamızın qızıl fondu hesab edilə bilər. Xarici dillərdə ədəbiyyat fonduna Sadıqova Kübra Məmməd qızı rəhbərlik edir.

AMEA Mərkəzi Elmi Kitabxanasının Xidmət şöbəsi 1926-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. Xidmət şöbəsi-MEK-in xidmətlərindən faydalanacaq oxucuların qeydiyyatını, onların sifariş etdikləri resurslarla təmin edilməsini və geri qəbul edilərək müvafiq saxlanca göndərilməsi fəaliyyətini həyata keçirir. Şöbə - AMEA-nın elmi - tədqiqat müəsisələri və təşkilatlarının əməkdaşları daxil olmaqla, Bakı şəhərinin və respublikanın elmi tədqiqat müəssisələrinə,ali məktəblərə və xarici ölkələrin kitabxanalarından müraciət edən oxuculara xidmət göstərir. Şöbə oxuculara xidmət işini Kitabxanalararası abonoment, oxu zalları, dövrü mətbuat və akademiklərin zalı vasitəsilə həyata keçirir. Şöbə yardımçı fondlarının komplektləşdirilməsində iştirak edir və bu ədəbiyyata dair oxucu sorğularını yerinə yetirir. Sərgi zalında MEK-ə daxil olan yeni ədəbiyyatın sərgisi təşkil edilir və bu ədəbiyyatlar 15 gün ərzində sərgilənir. Eyni zamanda görkəmli şəxsiyyətlərin yubleyləri, əlamətdar və tarixi günlərə dair kitab və dövri mətbuat sərgilərini təşkil edir. Dövrü mətbuatın yardımçı fondunda yeni daxil olmuş jurnallar və qəzetlərin qəbulu, işlənməsi, “İrbis 64 +” proqramına daxil edilməsi və yerləşdirilməsi işləri icra olunur. Şöbəyə Ofeliya Yunusova rəhbərlik edir.